Połączenie AM i UMK nastąpiło na mocy ustawy przyjętej przez Sejm RP 24 listopada 2004 r. W tym czasie senaty obu uczelni przebywały wspólnie w Watykanie, gdzie wręczono tytuł doktora honoris causa UMK papieżowi Janowi Pawłowi II.

- Związek 60-letniego już uniwersytetu z 20-letnią akademią medyczną zapewne musiał być związkiem trudnym na początku. Związku, w którym z jednej strony przemawiało 60-letnie doświadczenie i młodość z drugiej strony akademii medycznej – powiedział do Senatu UMK i przybyłych na jubileuszowe uroczystości gości rektor UMK prof. Andrzej Tretyn. – To mogło gwarantować, że z tego związku będą piękne i wspaniałe dzieci, które zapewnią, że ten uniwersytet, który powstał z tego związku będzie silniejszy, będzie bardziej atrakcyjny dla przyszłych studentów – dodał prof. Tretyn.

Rektor UMK przypomniał o trudnościach, ale i sukcesach, które stały się udziałem i UMK, i Collegium Medicum po połączeniu się obu uczelni. Wspominał o współpracy, która się rozwinęła i osobistej wspólnej pracy naukowej z kolegami z bydgoskiej Akademii Medycznej. – Dystans 40 km jest tak mały, że mogliśmy zrobić dużo więcej – ocenił. Przyszłość toruński naukowiec określił optymistycznie. – Wierzymy, że małżeństwo po 10 latach jest dopiero na dotarciu, a wszystko co najlepsze jest przed nami – stwierdził prof. Tretyn.

10 lat temu funkcję rektora UMK pełnił prof. Jan Kopcewicz. Podczas uroczystości przypomniał motywy, którymi kierowały się ówczesne władze UMK, a które zaważyły na decyzji o połączeniu z akademią medyczną. – W XXI wiek wchodziliśmy z optymizmem i poszukiwaliśmy nowych dróg rozwoju uczelni. Chcieliśmy przełamać PRL-owskie resortowe ograniczenia i na wzór amerykański stworzyć duży szerokoprofilowy uniwersytet. Gdyby udało się nam wtedy powołać kujawsko-pomorski uniwersytet, łączący UMK, ówczesną Wyższą Szkołę Pedagogiczną, Akademię Techniczno-Rolniczą, Akademię Medyczną i Akademię Muzyczną stworzylibyśmy największy uniwersytet w Polsce. Idea ta nie zyskała jednak aprobaty politycznej – wspominał prof. Kopcewicz. Były rektor UMK dodał, że marzenie o powołaniu wydziałów o orientacji medycznej udało się jednak zrealizować. – Wydział medyczny naszego protoplasty Uniwersytetu Stefana Batorego z Wilna po wojnie nie dotarł do Torunia, tylko został w Gdański, gdzie później stworzył Akademię Medyczną. W tej sytuacji zamierzaliśmy najpierw powołać kierunek farmacji i w 2003 roku byliśmy na to gotowi. Mieliśmy też możliwości, by później zrealizować jeszcze kierunek stomatologię i wydział lekarski. Wtedy jednak w gremiach Akademii Medycznej w Bydgoszczy powstała myśl o połączeniu z nami. I proces zjednoczeniowy się rozpoczął – mówił prof. Kopcewicz.

Swój związek z Akademią Medyczną im. Ludwika Rydygiera podkreślał przewodniczący sejmowej Komisji Zdrowia poseł Tomasz Latos. – Ciągle jestem urlopowanym pracownikiem szpitala uniwersyteckiego – mówił Latos i pogratulował sukcesów 30-letniej uczelni. Podkreślił zasługi pierwszego rektora uczelni prof. Jana Domaniewskiego, a rektorskim władzom życzył utworzenia w Bydgoszczy kierunku stomatologii i poprawienia infrastruktury szpitala im. Biziela oraz “świetlanej przyszłości”.

Podziękowania i gratulacje władzom rektorskim złożył prezydent Torunia Michał Zaleski. Ofiarował prezent – witraż wykonany w Toruniu. – Przedstawia elementy kopernikańskiej teorii nieba. Przypomina, że każdy medyk ratujący ludzkie życie dokonuje wyczynu na miarę przewrotu kopernikańskiego – powiedział Zaleski. – Aby przyszłość Collegium Medicum im. Ludwika Rydygiera w Bydgoszczy zapisywana była konsekwentnym rozwojem, dalszymi sukcesami i realnym uczestnictwem w rozwoju medycyny, tej szczególnej, wyjątkowej i szlachetnej nauki – życzył zastępca prezydenta Bydgoszczy Łukasz Niedźwiecki, który wręczył rektorowi UMK prof. Andrzejowi Tretynowi i prorektorowi ds. Collegium Medicum prof. Janowi Styczyńskiemu pamiątkowe statuetki.

Z okazji jubileuszu powstania Collegium Medicum UMK podjęto decyzję o tym, że absolwenci Akademii Medycznej w Bydgoszczy, czyli osoby, które ukończyły studia przed połączeniem uczelni, mogą przystąpić do programu “Absolwent UMK” i otrzymać Kartę Absolwenta UMK.