Od samego początku istnienia świątynia ta miała być ośrodkiem myśli patriotycznej związanej z męczeństwem narodu polskiego. W latach 80. modlili się tu ludzie ?Solidarności?, a przy kościele skupiały się stowarzyszenia kombatanckie. Była to też pierwsza parafia w Bydgoszczy, która po II wojnie światowej uzyskała pozwolenie na wybudowanie nowego kościoła. Już w latach 50. na Kapuściskach oraz w ciągu następnych dwóch dekad na Wyżynach powstały wielotysięczne osiedla mieszkaniowe – na wzniesienie kościoła jednak nie pozwalały ówczesne władze państwowe. Dzięki inicjatywie prymasa Wyszyńskiego zaczęły wtedy powstawać ośrodki duszpasterskie ? jeden z nich znajdował się w miejscu dzisiejszego Sanktuarium Nowych Męczenników. I tak, w roku 1973, dzięki uporowi wiernych oraz odwilży politycznej władze zgodziły się na wybudowanie nowej świątyni, która miała służyć bydgoszczanom z nowo powstałych osiedli. Wezwanie kościoła było osobistym pomysłem prymasa Stefana Wyszyńskiego, który poprzez nadanie kościołowi wezwania Świętych Polskich Braci Męczenników chciał upamiętnić prześladowanych Polaków. Na patronów parafii wybrał Pięciu Braci Męczenników ? Benedykta, Jana, Mateusza, Izaaka i Krystyna.

Żeglarskie sanktuarium

10 czerwca 1977 roku wzniesiono pierwszą część obecnego sanktuarium ? kaplicę Nawiedzenia Matki Boskiej zwaną ?małym kościołem?. Wystrój tego pomieszczenia jest niecodzienny ? wszystkie ściany wyłożono dębową boazerią, która sprawia wrażenie bycia we wnętrzu łodzi. Również podłoga ułożona jest stopniowo i obniża się w kierunku ołtarza. Najważniejszym jednak elementem kaplicy jest obraz Matki Bożej, cieszący się specjalnym kultem wiernych i otoczonym wotami dziękczynnymi. Obraz jest wierną kopią wizerunku Matki Boskiej Częstochowskiej, a do najcenniejszych wotów okalających jego ramę można zaliczyć zakończenie drzewca sztandaru wojska polskiego z 1939 roku oraz odznaczenia, które wierni podarowali Matce Boskiej w podzięce za otrzymane łaski.

Całe sanktuarium jest zresztą zbudowane w nurcie architektury nautologicznej (nawiązującej do żeglarstwa), a forma kościoła odwołuje się do ewangelicznego spotkania barek na jeziorze. Nad spotykającymi się statkami widać platformę przypominającą bocianie gniazdo, która jest jednocześnie podstawą do dzwonnicy. Ciekawa jest też elewacja kościoła, a także wykończenie jego wnętrza, w którym zastosowano technikę ceramicznej płaskorzeźby. Kościół główny może pomieścić nawet cztery tysiące wiernych, a sama powierzchnia zabudowy świątyni odpowiada powierzchni bazyliki św. Wincentego ? Paulo.

Do kaplicy Nawiedzenia przylega kruchta poświęcona św. Urszuli Ledóchowskiej – w głównym jej miejscu znajduje się relikwiarz świętej, który jest dość niecodziennym naczyniem z uwagi na to, że zawiera jedynie jeden włos świętej. Relikwia ta pochodzi z czasów, gdy ciało świętej, które uprzednio było pochowane w Rzymie przewożono do Pniew. Okazało się wówczas, że zwłoki św. Urszuli nie uległy zniszczeniu, więc po przewiezieniu ciała zmieniono świętej habit i uczesano włosy. Relikwia to jeden z kilku włosów św. Urszuli Ledóchowskiej, który pozostał wówczas na grzebieniu.

Pielgrzymkowe pamiątki

Zasadniczy kościół, który znajduje się w głównym kręgu budowli wyposażony jest w ołtarz Pięciu Polskich Braci Męczenników. Na zewnętrznych ścianach świątyni znajdują się płaskorzeźby przedstawiające bohaterów narodowych i sceny z budowy kościoła, ściana wschodnia natomiast to miejsce, w którym możemy znaleźć witraże z cytatami z Ośmiu Błogosławieństw, na których swoje nauczanie oparł Jan Paweł II podczas pielgrzymki do Polski w 1999 roku.
Janowi Pawłowi II zresztą poświęcona jest cała kaplica Pamięci. Już sam korytarz do niej prowadzący przywołuje wspomnienia z pielgrzymek Ojca Świętego do ojczyzny. Zgromadzone są tutaj pamiątki związane z pobytem papieża w Bydgoszczy ? części dekoracji, chusty pielgrzyma, broszury i śpiewniki z tego dnia. Jest tu także bielizna kielichowa, której podczas Mszy św. na bydgoskim lotnisku używał papież. W kaplicy znalazła się też miniatura ołtarza, przy którym wówczas sprawowano mszę oraz miniatura bramy w kształcie herbu Bydgoszczy z szeroko otwartymi wrotami, przez którą w 1999 roku przejechał papamobile. Na ścianie kaplicy upamiętniono również słowa Jana Pawła II, które wypowiedział na temat kościoła Świętych Polskich Braci Męczenników.

- Świątynia ta upamiętnia wszystkich bezimiennych Polaków, którzy w ciągu dziejów polskiego chrześcijaństwa oddawali swe życie za Chrystusową Ewangelię i Ojczyznę, zaczynając od św. Wojciecha ? głoszą słowa w holu kaplicy. To jednak nie wszystkie pamiątki po polskim papieżu jakie się tutaj znalazły ? zobaczyć tutaj można również wystawę fotografii związanych z Jego pogrzebem w Rzymie i tym, co działo się wówczas w Bydgoszczy. Na ścianach rozwieszone są także mapy, które pokazują miejsca odwiedzone przez Jana Pawła II za życia ? tak na świecie jak i w Polsce.

Włos św. Urszuli Ledóchowskiej to nie jedyna relikwia, jaka znajduje się w bydgoskim sanktuarium ? w kaplicy Męczenników Naszych Czasów umiejscowiono pamiątki po bł. ks. Jerzym Popiełuszce podarowane przez jego matkę, Mariannę Popiełuszko. Ciekawym elementem tej kaplicy jest ustawiony w centralnym jej punkcie duży krzyż, który przebija sufit ? pokazuje on, że znak naszego zbawienia nie jest niczym ograniczony. Najcenniejsze relikwie w tej kaplicy – zakrwawiony bandaż i nitka z sutanny, w której ks. Popiełuszko został wrzucony do Wisły znajdują się pod niewielkim portretem autorstwa jednej z parafianek. Obok tych pamiątek umieszczono kolejne relikwie ? sióstr nazaretanek, które w 1943 roku zostały zamordowane w Nowogródku na Białorusi przez hitlerowców.

Równie cennym elementem kaplicy jest obraz Oblicza Chrystusa Odbitego na chuście Weroniki. Rysy mężczyzny z obrazu dokładnie odpowiadają wizerunkowi z chusty św. Weroniki i Całunowi Turyńskiemu. Oblicze Chrystusa znajdujące się w kaplicy utrwalone jest na bisiorze najdroższej antycznej tkaniny wytwarzanej z tzw. morskiego jedwabiu, który można farbować, jednak nie da się na nim namalować obrazu. Ten niezwykły dar dla kaplicy został ofiarowany przez znawcę Całunu Turyńskiego prof. nauk med. Władysława Sinkiewicza.

Posadzka z historią

Bardzo duże wrażenie na zwiedzających sprawia posadzka kolejnej z kaplic ? kaplicy Męczeństwa Bydgoszczy. Podłoga ta ułożona jest z surowych, nieregularnych kamieni, które pochodzą z bydgoskiego Starego Rynku. Duże wrażenie na zwiedzających kaplicę wywiera fakt, że są to kamienie, po których spływała krew rozstrzeliwanych na początku wojny Polaków.

Wpatrując się w ścianę po prawej stronie ołtarza dostrzec można odcisk dłoni, który ma przypominać fakt pojawienia się po egzekucjach na Starym Rynku w 1939 śladu dłoni ks. Jana Jakubowskiego, wikariusza kościoła farnego. Historia krwawego śladu na murze, którego nie można było zmyć jest potwierdzana przez wielu starszych bydgoszczan. Pamiętają oni to niezwykłe zjawisko, które hitlerowcy na początku próbowali zamazać smołą, zamurowywać i od nowa otynkować ? ślad dłoni wciąż był jednak widoczny. Po wszystkich tych nieudanych zabiegach hitlerowcy zdecydowali, aby kościół na Starym Rynku, na którego murze wciąż widoczny był ślad dłoni księdza, wysadzić w powietrze – uczynili to 7 stycznia 1940 roku.

Sama kaplica zawiera również pamiątki po bł. ks. Jerzym Popiełuszce. Znajduje się tu ornat i inne szaty liturgiczne, w których kapelan ?Solidarności? odprawiał swoją ostatnią mszę. Oprócz wymienionych już kaplic, w sanktuarium znajduje się ponadto kaplica Papieska ? poświęcona Janowi Pawłowi II (znajdują się w niej m. in. dwa trony papieskie, z których korzystał Ojciec Święty podczas wizyt w kraju), kaplica Nowych Męczenników poświęcona 108 męczennikom, których podczas pobytu w 1999 roku w Warszawie beatyfikował Ojciec Święty oraz kaplica bł. ks. Jerzego Popiełuszki, która zawiera pamiątki po ks. Jerzym, a także inne przyniesione przez bydgoszczan dary upamiętniające trudne czasy stanu wojennego.

To tylko nieliczne z pamiątek, eksponatów i innych cennych materialnie i duchowo przedmiotów, które można zobaczyć w tym bydgoskim sanktuarium ? oprócz głównego kościoła i kaplic znajdują się tutaj także izby pamięci (Tadeusza Nowakowskiego oraz Stefana Wyszyńskiego), pomniki i figury, a także symboliczne kamienie, upamiętniające miejsce kaźni Polaków w Katyniu i na Syberii.

Tutaj także od kilku lat znajduje się szaniec, który od 1969 roku stanowił tło dla pomnika Walki i Męczeństwa na Starym Rynku. Szaniec zawierający nazwy miejscowości naznaczone walką i męczeństwem ustawiono w pobliżu Sanktuarium Nowych Męczenników w 2007 roku.