Wyburzenie zabytkowego młyna przy ul. Elbląskiej wywołało protesty, krytykę, a nawet podejrzenie o korupcję. Radny Stefan Pastuszewski skierował do prokuratury prośbę o przyjrzenie się procesowi decyzyjnemu w tej sprawie. Po przyjrzeniu się uznano, że sprawa jest poważna.
Dnia 2 kwietnia 2015 roku Prokuratura Rejonowa Bydgoszcz-Południe wszczęła śledztwo w sprawie niedopełnienia obowiązków przez pracowników Urzędu Miasta Bydgoszczy poprzez wydanie decyzji zatwierdzającej projekt budowlany i udzielającej pozwolenia na rozbiórkę budynku magazynowego przy ul. Elbląskiej 1 bez wymaganego uzgodnienia z miejskim konserwatorem zabytków, tj. o czyn z art. 231 § 1 kk.
Na decyzję prokuratury wpływ decydujący miała treść pisma z bydgoskiej delegatury Wojewódzkiego Urzędu Zabytków. Jej szefowa, Iwona Brzozowska, poinformowała w nim, że młyn Krügera znajduje się w wojewódzkiej ewidencji zabytków i objęty jest ochroną konserwatorską ?ze względu na wartość historyczną oraz walory architektoniczne?.
Art. 39 § 3 Prawa budowlanego stanowi: ?W stosunku do obiektów budowlanych oraz obszarów niewpisanych do rejestru zabytków, a ujętych w gminnej ewidencji zabytków, pozwolenie na budowę lub rozbiórkę obiektu budowlanego wydaje właściwy organ w uzgodnieniu z wojewódzkim konserwatorem zabytków?. Oznacza to, że zgoda na wyburzenie młyna Krügera, wymagała uzgodnienia konserwatorskiego. Tymczasem właścicielowi tego zabytkowego obiektu zgody na rozbiórkę udzielił Wydział Administracji Budowlanej Urzędu Miasta Bydgoszczy, nie zwracając się o opinię do miejskiego konserwatora zabytków.
Art. 231. § kk mówi: ?Funkcjonariusz publiczny, który, przekraczając swoje uprawnienia lub nie dopełniając obowiązków, działa na szkodę interesu publicznego lub prywatnego, podlega karze pozbawienia wolności do lat 3.?