Zakład Ubezpieczeń Społecznych prowadzi dwa rodzaje kontroli zwolnień lekarskich. Sprawdzana jest prawidłowość orzekania o czasowej niezdolności oraz prawidłowość wykorzystania zwolnień. ZUS prowadzi kontrole wśród osób, którym sam wypłaca zasiłek, a także na wniosek pracodawcy wśród pozostałych ubezpieczonych. Prawo do kontroli wykorzystania zwolnień lekarskich mają również przedsiębiorcy zatrudniający powyżej 20 ubezpieczonych.
W zakresie orzekania o czasowej niezdolności do pracy lekarze orzecznicy Oddziału ZUS w Bydgoszczy przeprowadzili w 2013 r. 10,2 tys. badań kontrolnych. Ich następstwem było wstrzymanie dalszej wypłaty świadczeń 2536 osobom. Oznacza to, że 25 proc. przebadanych uznanych zostało za zdolnych do pracy. Kwota wstrzymanych z tego tytułu zasiłków wyniosła ponad 984 tys. zł.
Kontrola prawidłowości wykorzystania zwolnień lekarskich objęła 3447 ubezpieczonych. W jej efekcie Oddział ZUS w Bydgoszczy wstrzymał wypłatę zasiłku chorobowego 143 osobom, na łączna kwotę ponad 172 tys. zł.